Vallo di Nera ha origini antiche, risalenti all’epoca romana, ma il territorio era già abitato dai Naharci (di probabile origine celtica) dal IV al II secolo a.C., prendendo il nome dal fiume Nahar, noto come Nera. Nel IV secolo, la curtis longobarda di Vallo faceva parte del ducato di Spoleto. Nel 1217, Spoleto concesse a Vallo la costruzione del Castello, dando così origine alla struttura urbanistica attuale. Nel 1522-23, il condottiero Pietrone da Vallo, a capo di una coalizione di castelli della valle, si ribellò a Spoleto, ma alla fine venne bruciato.