I primi segni di insediamento nella regione risalgono al periodo neolitico, come dimostrano alcuni reperti trovati nelle vicinanze di Montone. Durante l’epoca romana, Fratta Todina faceva parte del municipium di Todi. La più antica menzione di Fratta Todina si trova in un documento del 1177, quando Federico Barbarossa visitò l’Italia.Nel centro storico è possibile ammirare edifici e monumenti recentemente restaurati, tra cui una porzione delle mura castellane costruite tra il XIII e XIV secolo, il palazzo Vescovile risalente al XVII secolo e la chiesa Parrocchiale del 1654.